Pierre II de Courtenay succéda à son père Pierre de France dans la seigneurie de Courtenay et son cousin le roi Philippe II Auguste le fit épouser en 1184 Agnès, héritière du comté de Nevers. L'année suivante, à la mort de san beau-frère Guillaume V de Nevers, il devint comte de Nevers, d'Auxerre et de Tonnerre. Alors qu'il participait à la stroisième croisade, sa première femme mourut en 1192, laissant une fille, Mathilde. Il se remaria en 1193 avec Yolande de Hainaut, fille de Baudouin VIII, comte de Flandre et de de Hainaut, et de Marguerite Ire de Flandre.
En 1199, une guerre l'opposa à l'un de ses vassaux, Hervé IV de Donzy. Battu à Cosne-sur-Loire Pierre fut fait prisonnier et fut libéré en échange du mariage d'Hervé avec Mahaut, la fille de Pierre et la cession du comté de Nevers. Pierre garda à titre viager les comtés d'Auxerre et de Tonnerre.
Le 16 juin 1216 mourut sans postérité Henri de Hainaut, second empereur latin de Constantinople. Les barons de l'empire proposèrent alors le trône à son neveu André II de Hongrie, qui refusa, puis à Pierre de Courtenay, beau-frère du défunt empereur, qui l'accepta. Il se rendit à Brindisi pour embarquer vers son empire et assiégea Duras, pendant que sa femme se rendait directement à Constantinople. Ayant échoué à prendre la ville, il se rendit par la voie terrestre à Salonique. Il fut attaqué par Théodore Ange Comnène Doukas, despote d'Épire, qui le fit prisonnier. Il resta emprisonné jusqu'à sa mort, laquelle fut annoncée en 1219.
De sa première épouse Agnès Ire, comtesse de Nevers, d'Auxerre et de Tonnerre, il avait eu :
De sa seconde épouse Yolande de Hainaut, impératrice de Constantinople, il avait eu :
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